心中怀着新的理想告别了合众地方的同伴天桐和艾莉丝，立志成为宝可梦大师的小智带着皮卡丘来到了卡洛斯地方，在卡洛斯地方与新认识的旅行伙伴莎莉娜、希特隆、柚莉嘉三人和新的宝可梦相遇的冒险故事。在寻找新的宝可梦以及新的邂逅的道路…

“精灵宝可梦”（台译“神奇宝贝”）是生活在这个星球上的不可思议的生物。立志成为精灵宝可梦大师的小智和皮卡丘一起踏上了冒险的旅途。在全新的冒险舞台——“合众地区”（台译“合众地方”），小智和皮卡丘邂逅了新的伙伴艾莉丝、天桐…

小智和皮卡丘等人的冒险仍在继续，传说中的宝可梦隐藏的秘密阻挡在他们前的阿兰和神秘的组织的目的到底是什么？最大的危机到来！

口袋妖怪电影《皮卡丘侦探》的续集。